本书正文部分一共１０章，３６万余字。
本书适合的阅读对象是临床医生，包括在校医学生，入门研究者，在研究中感到迷茫 困惑的研究者，尚未思考过“科研本质、特征与价值”的研究者，没有或不常问自己“我为什么要开展这个研究，它将走向何处”的研究者，有丰富的研究生涯、当前遭遇瓶颈、难以突破的研究者。
1、三本简介
本书《科学研究的逻辑———思考、判断胜于一切》（第二版）是科学研究三部曲的第一 本第二版。
第二本是《科学研究的方法———站在巨人的肩膀上》，旨在带领你在掌握科学 研究基本结构与操作逻辑基础上，进一步结构化地赏析：在科学研究历程中，那些广为人知的或者颇具分析价值的经典研究是如何发起、形成研究假设、执行、获得研究结果的，以此展现和帮助你理解科学研究的内涵和科学实践的过程。
第三本是《科学研究的工 具———让研究变得简单》，旨在剖析科学研究过程中各个思考阶段与判别环节，其背后的逻辑原理和数学原理是什么，以实现：在开展正式的研究工作之前，你能够从更微观和本质的层面，来透视科学研究过程中，每一个思考环节，每一个判别环节，每一个付诸行动的环节，是什么规律、定理或者原则在驱使和指引着科学研究活动的进行，进而获得思维上的清澈和行动上的透明。
本书作为献给临床医生的礼物，希望以全新的视角，来重构和诠释科学研究。
2、科研本质（第1-3章）
第１章介绍“科研是什么和不是什么”，也即能让你感知幸福和认知和谐的“科研观” 长什么样子？让我们痛苦的，也许不是科研本身，而是那些，对科学知识和科研本质错误的认知。科研是什么？又不是什么？开篇谈谈不同观点，以与你逐步达成共识。遍历险滩，你才会发现，形成和具备正确的“科研观”有多重要，因为它决定着你开展研究时的幸 福指数和最终成就大小。
第２章介绍“科学研究的本质”，也即“是什么”的问题，以期从源头上回答，我们在日 常研究活动中所进行的各个动作，其来源是什么，与研究的什么本质相呼应，启示研究者：做研究，应知其然，更知其所以然，才能懂得如何变通，以不变应万变，而非依葫芦画瓢，机械化操作，难有突破与创新。关于科学研究的本质，我们不能再泛泛而谈，众说纷纭，我们需要透视它、解剖它、解构它、重构它，并努力建立统一的表征方式，以带领所有人抵达真 相的最底层。如此，我们才能真正驾驭它，并轻松演绎好它。
第３章介绍“好研究遵循的基本原则”，也即“从哪里来，到哪里去”的问题。什么是好研究？本章力图说明，好的研究总是遵循“源于工作，高于工作，最终回归工作”的原则，以 求研究活动的整体效能和投入产出最大化。这其中除了对学术细节的关注，更需要对现 实情境的整体洞察与把握，以便在一开始时，就制定好了一个“全垒打”的策略，而不是走走停停，反复在新起点上重新开始。我们的时间和生命有限，不点滴珍惜，就是极大浪费， 研究生涯与职业生涯一样，极需要讲究战略和系统规划。
3、提出问题，制定计划（第4-6章）
第４章介绍“研究问题是如何提出的”，这一点至关重要，也恰恰是临床医生在开展研究 中最容易忽略和快速做决定的一步。做研究，看菜吃饭、信手拈来固然好，但如果不能对某 一临床现象深究其表，严查其里，所开展的研究一是停留于皮毛浅浅而谈，二是难以形成系 列研究以构建系统的解决方案，三是未经规划的研究，总是容易出现错步和越步。最终，研究是做了，做完即宣告终结，难以回归现实和推进工作。本章重点解剖在“提出研究问题” 时，我们的思维，应经历哪些过程，以确保研究问题的推导是科学的、完整的、正确的，并具备 丰富的延展性。本章很长，也很精彩，甚至可能有疏漏，欢迎你来与我们对话，任意拍砖。
第５章介绍“整个研究将经历哪些阶段”，也即开展研究的全过程。对于经历过科研活 动的研究者来说，本章是对研究过程的一个回顾和重新认识。例如，研究假设的重要性；申请立项的好处到底是什么，如何换位思考来提高竞标胜算；开展研究中“项目管理”的应用；成果汇报阶段，结题报告的价值以及更好的存储和应用方式；成果转化的几种形式。对于刚 入门的研究者，则帮助其俯瞰科研活动的全过程，知晓每个步骤是什么，为了什么，应在此步输入什么，如何反应，哪些因素会影响反应效果，最终输出什么。通过对研究过程的展望与 审视，提醒研究者：一方面，要做好研究规划；另一方面，充分判断自己的决心、信心和勇 气，在６０到１００分之间，我要做到多少分，在１００到１０００步之间，我要走到哪一步。
第６章“基于好的研究问题、好的研究规划”，介绍“如何申请立项资助（研究计划接受 同行评议）”，也即标书的内在结构与写作逻辑。笔者用数百份标书的写作辅导经验、评审经验和对科研本质与特征的充分认知，力求既展现标书内容的写作技巧、评审人所希望读 到的内容和感受到的态度，又回应标书各个段落在解释和说明研究问题与研究规划的哪 一部分，也即当下，我们约定这样来书写和表达标书的目的与原因是什么？文本内容是如何对应科学研究的本质和整个研究的思维过程的？又如何借助文字表达来回应评议同行 对申报人及其研究团队的审视与核查的？
4、解决问题，汇报结果（第7-9章）
第７章“基于好的研究问题与明确的研究设计”，介绍“如何采集研究数据”，也即如何 现场取证，以回答研究问题，我们形象地称之为“渔网系列”。在明确目标后，我们该如何 构建渔网（研究工具），按照正确、标准的工序去打捞我们所想要的数据？这些数据将回答 我们的研究问题与研究假设，并决定了研究的内部效度与外部效度。笔者细致剖析了数据采集中的常见问题、数据采集不当对研究内外部效度的影响、数据采集前应做的准备、 采集中的基本流程与关键动作、采集结束后的当天反馈—汇总—核查—修正、数据的长期 存储方式与注意点。本章是研究计划落地实施的顺流而下，原则上来说，就是按照约定、 严格遵守、如一执行。然而，多数研究者容易在此步颇费周折，原因是，前端未做好准备而导致：①总有零部件缺失，不断返工；②不可行，不得不倒退到研究计划书；③不可行， 不得不倒退到研究问题上。好的做法是，在我们起草研究计划书之前，就应该展望此步的作战场景：所需数据，采集的可能性与可行性，确保此步可走，再定下作战方案。总的来说，本章皆细节，细节决定成败。
第８章介绍“如何处理研究数据”，也即如何处理前一步采回的数据，进而提炼论据、 提出论点，回应研究问题与研究假设，我们形象地称之为“龙骨系列”。在将数据打捞上来以后，如何对数据进行审查—清洗—排列—组合—分析—释义，梳理出一个研究结果的总框架呢？研究者对研究结果框架梳理的细致与缜密程度，将决定研究成果的数量与质量。笔者首先介绍，在数据处理过程中，我们所借助的手段，即统计和分析，它到底是什么？用来解决哪几类问题？如何与人类认知问题的特征与步骤同步？如何回答人们在描述、解 释、预测、控制各个研究阶段的问题？这些至关重要，让研究者从本质上认清：统计，它只 是一种数学工具，用来回答研究问题，即使研究者不知道如何操作ＳＰＳＳ／ＳＡＳ／ＳＴＡＴＡ， 但只要对自己要探究的问题与变量及变量关系心知肚明（Ｗｈａｔ＆Ｗｈｙ），他就能够调度甚至指挥统计学家（Ｈｏｗ），在其协助下完成研究，甚至是极高质量的研究，研究者既不能玩 弄统计（舍本逐末），也不能被统计玩弄（因噎废食）。此外，本章也阐述了如何充分提炼论据，做到既不强拆、也不浪费本次的研究发现，并将其中直接回答研究问题的论据与论点 提炼出来，为下一步写作若干篇医学研究报告（学术论文）做准备。
第９章承接已获得的研究结果与结论，介绍“如何完成一篇真实、规范、可读的医学研 究报告”，也叫学术论文（研究成果接受同行评议），本章较为详尽地介绍了学术论文的构成，关键是解读了每个段落与科学研究过程之间的对应性、功能和要回答的关键问题，以帮助你从本质上理解学术论文的构成和来源，而非表面上的段落与语句模仿，却总是难达其旨、显其义，带来的结局是：浪费了研究者的良好研究发现，也让审稿人颇为痛苦。虽然我们诟病“做得好不如写得好”的说法，但是“写得好”与“做得好”，确实同等重要，没做好却写得好，那是造假与投机取巧，而做得好却写不好，无疑是巨大的科研浪费。相信本 章能给你以新的启示，明确论文各段的责任与功能，基于此，更自由、大胆地介绍与展示自己的研究发现，并更深入地启发同行思考与跟进该研究。
5、科学精神（第10章）
第１０章作为结束，想带大家在科学技术的历史长河中，快速浏览几个特别的名人快照，希望有助于你，从他们洒落于落魄琐碎生活的科研实践中，投射出自己的影子，以尽快调试出适合自己的研究状态和姿势，轻松前行。研究生涯不是洪水猛兽，呼啸而过，而是涓涓溪流，时刻萦绕。若有一颗追随和挖掘真理的赤子之心，任何时候，都是开始的好时候。
“归途，愿伟大思想伴你前行！”
沈福来
“良好研究者养成”项目发起人
２０１７年５月１０日于希腊圣托里尼岛